Berdirinya sekolah SMK Muhammadiyah Pekalongan, berawal dari hibah Yayasan Bahari (STM Baita Cipta) pada 8 Januari1977. Semula STM Baita Cipta, mempunyai dua jurusan yaitu Mesin Kapal dan Listrik. Setelah diserahterimakan berubah nama menjadi STM Muhammadiyah Pekalongan dan terdaftar pada tanggal 4 November 1985.
SMK Muhammadiyah Pekalongan, pertama kali di bawah Pimpinan Kepala Sekolah Bapak Sugiri (1977 – 1983). Jurusan yang dimiliki diubah menjadi Mekanik Umum dan Listrik. Jurusan ini berlangsung sampai tahun 1995.
Tampuk pimpinan Kepala Sekolah yang kedua di bawah pimpinan Bapak Ir. Abu Bakar ( 1983 – 1990 ) dan dilanjutkan periode ketiga oleh Bapak Drs. Roes Kamto ( 1990 – 1995 ), selanjutnya mulai tahun 1995 di bawah pimpinan Bapak Wardhiyanto ( 1995 – 2005 sesuai perkembangan kurikulum nasional penjurusan di SMK Muhammadiyah Pekalongan berubah menjadi tiga program studi ( Jurusan ) yaitu : Mekanik Otomotif, Mesin Perkakas, dan Listrik Instalasi.
Gedung SMK Muhammadiyah Pekalongan sebelum tahun 1993 berada dilokasi Proliman Bendan (sekarang Fakultas ekonomi UMPP Pekalongan). Segala aktivitasnya berpindah di Jalan Pramuka No 1 Kramatsari sejak tahun 1993. Perpindahan bertahap dan pembangunan yang dilakukan berkesinambungan menjadikan gedung di SMK Muhammadiyah Pekalongan saat ini terdiri dari empat gedung lantai dua sebagai gedung teori dan kantor serta Laboratorium Komputer, bahasa dan IPA. Sementara memiliki dua gedung yang difungsikan sebagai Bengkel Teknik Bodi Otomotif, Pemesinan dan Teknik Kendaraan Ringan (Otomotif). Saat ini SMK Muhammadiyah Pekalongan diakses melalui Jl. AMD No. 1 Kramatsari dengan Pintu Gerbang sendiri.
Tahun 2005 atas prakarsa pimpinan yang baru Bapak Drs. Indrato bertambah satu program keahlian yaitu Bodi Otomotf. Pada tahun 2010 ditambah lagi dengan satu program keahlian yaitu Teknik Rekayasa Perangkat Lunak (RPL/Komputer). Pada tahun 2013 bertambah satu jurusan lagi yaitu Teknik Sepeda Motor (TSM). Sehingga total saat ini Program keahlian / Kompetensi keahlian yang dimiliki ada 5 yaitu : Teknik Instalasi Tenaga Listrik, Teknik Pemesinan, Teknik Kendaraan Ringan, Teknik Bodi Otomotif, Teknik Rekayasa Perangkat Lunak, dan Teknik Sepeda Motor.
Tidak hanya dari segi sarana prasarana saja yang meningkat, tapi dari segi manajemen juga tidak ketinggalan, terbukti dari hasil Akreditasi yang cukup menggembirakan.
- Akreditasi I ( 10 Februari1989 ) hasilnya Diakui.
- Akreditasi II ( 17 Januari 1994 ) hasilnya Diakui.
- Akreditasi III (28 April 2004) hasilnya B (baik).
- Akreditasi IV (Oktober 2007) hasilnya A (Sangat Baik) untuk Program Keahlian Teknik Otomotif dan Teknik Pemesinan , nilai B ( baik ) untuk Program Pemanfaatan Tenaga Listrik dan Teknik Body Otomotif.
- Akreditasi (November 2013) jurusan Teknik Rekayasa Perangkat Lunak hasil nya B
- Akreditasi ( Oktober 2019) mendapat nilai A untuk semua program keahlian.
Disamping itu, tahun ajaran 2004 – 2005 dinominasikan oleh Dirjen Pendidikan Pusat sebagai Sekolah Berstandar Nasional ( SBN ). Pada tahun ini pula dibuka kelas unggulan ( kelas Model ) Kewirausahaan. Untuk mewujudkan Sistem Manajemen Mutu sekolah yang baik maka SMK Muhammadiyah Pekalongan telah memulai ber ISO 9001 sejak tahun 2005 dari mulai ISO 9001:2000 hingga saat ini telah bersertifikat ISO 9001:2008. Pada tahun 2008 – 2009 dinominasikan sebagai Rintisan Sekolah bertaraf Internasional hingga saat ini.
Pada tahun 2013 SMK Muhammadiyah Pekalongan menambah Kompetensi Keahlian baru yaitu Teknik Sepeda Motor (TSM). Dengan kerja sama bengkel terkenal dari Honda, AHAS menjadi salah satu bagian untuk memberikan pelatihan sesuai dengan kompetensi sepeda motor.
Sampai dengan sekarang SMK Muhammadiyah memiliki 6 kompetensi keahlian yaitu :
- Teknik Instalasi dan Tenaga Listrik ( TITL )
- Teknik Pemesinan ( TP )
- Teknik Kendaraan Ringan otomotif ( TKRO )
- Teknik Bodi Otomotif ( TBO )
- Rekayasa Perangkat Lunak ( RPL )
- Teknik dan Bisnis dan Sepeda motor ( TBSM )
Periodisasi Kepala Sekolah SMK Muhammadiyah Pekalongan.
- 1977 – 1983 : Sugiri
- 1983 – 1990 : Ir. Abu Bakar
- 1990 – 1995 : Drs. Roeskamto
- 1995 – 2005 : Drs. Wardhiyanto
- 2005 – 2013 : Drs. Indrato, M. Si.
- 2013 – 2017 : Drs. Ghozali, M. Si.
- 2017 – sekarang : Hj. Lies Triati Nur, SH. SPd, Msi.